交通运输局内设办公室、运输管理科、信访法制科、综合规划科、财务科、人事科（离退休干部工作科）、建设管理科、安全监督科（应急办公室、市交通战备办公室）、路政管理科（市车辆超限超载治理办公室）、纪检监察室（市直单位党委）。行政编制17个。下设公路管理局（正科级事业单位）、农村公路管理所（副科级事业单位）、道路运输管理局（副科级事业单位）、交通路政管理所（副科级事业单位）、邓州市城市公共交通有限责任公司、第一运输公司、邓州交通运输总公司、县乡公路工程公司、腾达公路养护公司、奥通路桥工程公司。职工2134人。
