根据职能职责,市农业局设11个内设机构。

(一)办公室

协助领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等工作;承担政务信息、督查催办、安全保卫、保密和信访工作;承担农业新闻发布和政务公开工作;承担重大突发事件应急综合管理;制定机关有关规章制度并组织实施;牵头协调机关、直属单位和农业行业安全生产；负责机关后勤事务工作。

(二)人事科（党办室、纪检监察室）

负责局机关和直属单位的党群工作。负责局机关和直属单位的人事、劳动工资、机构编制、计划生育等工作;承担农业职业技能开发工作,参与实施农村实用人才培训工程;会同有关部门依法实施农业农村人才专业技术资格和从业资格管理;承担全市农业系统人事劳动统计工作;负责机关及直属单位出国人员的审查;承办局管社会团体的资格审查和报批工作；负责机关和直属单位的党群工作；承担农业系列职称评审有关工作。负责局系统的纪检监察工作，抓好党风廉政建设；负责局系统案件的审理和有关违纪人员的处理；保护公民的合法权益；承办党组和上级纪检监察部门交办的有关事项。

（三）老干部工作科

负责机关离退休干部管理工作，指导直属单位的离退休干部工作。

(四)政策法规科（农业行政综合执法科）

贯彻落实农业法律、法规和规章;指导农业行政执法体系建设；负责农业执法监督; 承担农业行政复议、行政应诉工作; 承担种子(种苗)审批和肥料、农药登记及监督管理的有关工作;承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责农村固定观察点工作；研究提出发展休闲农业和乡村涉农旅游的措施建议并组织实施；负责行政审批综合协调和服务工作。

(五)农村经济体制与经营管理科

提出稳定和完善农村基本经营制度的措施建议;指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理;指导农村集体经济组织建设、财务、资产管理和审计; 承担监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理工作; 参与农村综合改革和社会事业发展工作；负责邓州市减轻农民负担管理委员会办公室日常工作。

（六）市场与经济信息科

拟订大宗农产品市场体系建设规划;提出促进大宗农产品流通的措施建议；提出大宗农产品和农业生产资料价格建议;指导全市农业部门信息系统建设；发布农业和农村经济信息,指导农业信息服务工作。

 (七)计划财务科

拟订全市农业经济发展战略和农业产业体系中长期发展规划；提出全市农业基本建设投资计划；提出扶持农业和农村发展的财政、信贷和保险等有关政策建议;负责农业建设项目的规划编制、论证、申报，组织实施和检查验收；协调农业项目经费分配及实施监督，负责农业项目的审计，会同财政金融部门协调资金的使用与管理工作；编报部门预算并组织执行；指导全市农业系统计划财务管理工作；指导、监督局属单位财务、国有资产、政府采购管理工作;组织开展内部审计；负责农业涉外工作。

 (八) 科技教育科

承办全市农业科技创新体系和产业技术体系建设相关工作;承担农业技术引进、成果转化和示范推广工作;承担农民从业技能和农村劳动力转移就业培训工作;承担农业植物新品种保护和农业转基因生物安全监督管理工作;承担指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农业生物物种资源的保护和管理工作;承担指导农村可再生能源开发利用工作;承担指导生态农业、循环农业和农村节能减排工作；承担外来物种管理的相关工作;指导农业教育工作。

（九）农业科

组织拟订农业产业发展规范性文件,提出农业产业保护和发展的措施建议；拟订农业经济结构调整规划和意见；拟订种植业发展的规划、措施并组织实施;指导种植业结构和布局调整及标准化生产工作;承担耕地质量管理和发展节水农业的相关工作;发布农情信息;组织抗灾救灾和救灾备荒种子、化肥等生产资料的储备和调拨;组织实施农作物遗传资源保护;承办国内和进出境植物检疫的有关事宜;组织植物检疫性有害生物普查;承办农作物重大病虫害防治事宜；负责邓州市农业结构调整领导小组办公室日常工作。

（十）农产品质量安全监管科

组织开展农产品质量安全风险评估工作,提出技术性贸易措施建议;参与拟订农产品及农业生产资料国家标准相关工作;组织实施农产品质量安全监测并发布信息;指导农业检验检测体系建设;依法实施符合安全标准的农产品认证申报和监督管理的有关工作;承担组织实施农产品质量安全监督管理的有关工作；承担培育、保护和发展农产品品牌有关工作；在食品安全监管的职责分工中，负责农产品生产环节的监管。

 (十一) 邓州市农业产业化办公室（乡镇企业管理局）

负责拟订全市农业产业化发展规划并组织实施;负责指导农业产业化重点龙头企业,定期监测评估重点龙头企业运行情况；指导农业社会化服务体系建设；促进农民专业合作组织健康发展; 拟订乡镇企业发展的措施并组织实施;制订全市农场经济发展规划、措施并组织实施；指导全市国有农场的生产、改革与经营管理工作；组织贫困农场的扶贫开发工作；负责农场统计有关工作。