位于书院纵深处，是书院藏书和学生阅览的地方，与阁前东西厢房及阁两侧的东西花厅组成书院后院。现存的万卷阁，为清代道光四年(1824年)重建，砖木两层结构，前墙用十八个木质“万”字格活动隔扇相连组成。“万卷阁”匾额为郭沫若手迹。门廊柱上悬挂于右仁撰写的楹联：“论古不外才识学；博物能通天地人”。东花厅是范仲淹公余休息的卧室，西花厅是范仲淹的会客厅。