（一）办公室（宣传教育科）
负责局机关政务综合协调和监督检查。协助局领导组织协调局机关日常工作；组织拟定局机关工作制度并监督执行；负责局机关文电、档案、印章、机要、保密、目标、督查、环境信访、政务信息、政务值班、电子政务、人大建议和政协提案办理等工作；起草全市环境保护综合性会议文件、报告、讲话；负责市委、市政府和市环保局组织召开的综合性环境保护会议的组织协调；组织开展环境保护信息公开工作；贯彻落实环境保护宣传教育的有关政策、法律、法规，协调环境保护宣传教育有关工作。
（二）行政审批服务科（政策法规科）
负责本部门行政审批相关工作并承担相应责任；负责行政审批标准化建设工作；负责权力清单和责任清单的制定工作；负责行政审批事项的受理和审批工作；负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审核等相关工作；负责有关行政许可证的发放工作；承担市政府公布的有关行政审批事项。
组织开展环境保护政策调查研究，执行综合性环境保护政策、法规和规章；组织对上级机关起草的法律法规规章草案及市政府各部门起草的涉及有关环境影响方面的规范性决议提出修改意见；组织开展环境保护执法检查；指导和监督环境保护依法行政；负责环境保护行政处罚；负责落实区域限批、挂牌督办及对环境违法企业实施环境保护“黑名单”整改情况的后督查管理工作；指导、协调全市环境保护法制建设；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作；组织落实环境经济政策；组织环境保护行政复议、应诉及行政赔偿工作；参与重大环境违法案件的调查与处理，指导环境损害鉴定评估机构开展工作；组织环境保护普法工作。
（三）污染物排放总量控制科（环境监测科）
组织落实全市主要污染物排放总量控制、主要污染物排放总量预算制度，审核发放排污许可证制度。组织编制总量控制规划和年度计划，督查、督办、考核全市主要污染物减排情况。负责全市主要污染物排放总量预算管理工作，落实完成省总量预算指标的各项任务，负责核定涉及增加主要污染物排放总量新上项目的总量指标。负责环境统计、国控重点排污企业季度统计直报和污染源普查工作，组织编制并发布环境统计年报。负责全市排污权有偿使用和交易管理工作，组织实施排污权有偿使用和交易工作，负责登记确认排污权。
负责全市环境监测管理，规范管理社会环境监测资源；执行环境监测的政策、规划、法规、规章、制度并组织实施；负责全市环境监测网建设；组织实施环境质量监测、污染源监管监测、环境应急和预警监测，组织调查评估和考核全市环境质量状况并进行预测预警；组织编报全市环境质量报告书，组织编制和发布全市环境状况公报，提供全市环境质量信息；组织开展全市环境监测人员业务培训、持证上岗和队伍建设工作，推动监测站标准化建设。
（四）环境影响评价科（科技标准科）
承担全市规划环境影响评价的组织、协调和管理工作（农业、林业、水利、矿山、水上运输、管道运输和旅游等行业除外）；负责审批工业、社会服务、交通运输、城市基础设施及房地产等类别建设项目的环境影响评价文件；组织所管理建设项目的试生产核查；负责环境影响评价机构的日常考核及管理。
组织落实省环境保护技术政策和地方环境标准；负责编制全市环境保护科技和标准发展规划；组织环境保护科技攻关和实用技术示范工程；指导局属单位的科技工作；指导和推动循环经济、环保产业发展；组织清洁生产审核工作；组织管理环境与人体健康有关工作。
（五）污染防治科（环境应急管理办公室）
负责组织落实全市水体、重金属、城区土地、固体废物、持久性有机物、化学品等污染防治政策、规划、规章、规范，并组织实施；组织划定全市饮用水水源保护区，制定重要饮用水水源地、重点流域、地下水污染防治规划并监督实施；组织开展重点流域、区域行业水环境综合整治；组织实施危险废物经营许可、危险废物跨行政区转移许可、可用作原料的固体废物进口许可审批工作；负责进口废五金类废物加工利用企业资格认定工作；负责重点行业企业的环境保护核查工作；负责化学品环境管理工作；组织和指导城市环境综合整治和创建环境保护模范城市工作；负责城市环境综合整治定量考核。
负责重大以上突发环境事件的应急应对、信息通报及应急预警工作，承担环境污染与生态破坏事故的应急指挥和调度工作，承担环境风险预警的检查管理和督导工作，组织重大以上突发环境事件造成的危害、生态破坏及处置效果的评估，负责督导事发地政府组织开展突发环境事件现场应急和善后处置工作，负责12369环保举报热线管理工作，负责企事业单位环境应急预案管理，组织开展环境风险评估和环境应急演练活动，承办省环境保护厅和市政府应急办公室交办的其它任务。
（六）自然生态保护科（农村环境保护科）
拟订全市自然生态保护规划并监督实施;拟订生态功能保护区建设与管理的政策规划并监督执行；提出新建和调整各类自然保护区、生态功能保护区审批建议;指导、协调、监督全市自然保护区、风景名胜区、森林公园环境保护工作; 承担全市自然资源（包括农业、林业、水利、矿山、水上运输、管道运输和旅游）开发利用的规划环境影响评价的组织、协调和管理工作；负责审批全市自然资源（包括农业、林业、水利、矿山、水上运输、管道运输和旅游）开发利用项目的环境影响评价文件；组织所管理项目的试生产核查和竣工验收；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源环境保护工作;开展全市生态状况评估;协调和监督生态破坏恢复整治、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治等工作，指导全市生态文明建设示范区的创建工作。
组织落实农村生态环境保护和农村土壤（包括耕地、山地、林地、湿地、矿区等）污染防治的政策、规划及土壤环境功能区划，并监督实施；组织指导农村环境保护综合整治工作；组织协调农村和农业面源污染防治工作，监督指导农村土壤污染修复，畜禽和水产养殖污染防治工作；监督协调有机食品的发展工作。
（七）辐射环境管理科
组织落实全市核与辐射环境保护的政策、法规和标准，并监督执行；对全市核设施安全和电磁辐射、核技术应用、射线装置、生产、销售、储存、使用及放射性污染防治工作实行统一监督管理；负责全市核技术应用、电磁辐射等新、改、扩建项目环境影响评价、“三同时”制度和项目竣工验收及监督检查工作；负责全市放射源及射线装置的生产、销售、使用单位的辐射安全许可证核发工作；负责全市核与辐射事故、核与辐射恐怖袭击事件、辐射污染事故的应急现场组织协调工作；组织指导全市辐射环境监管能力建设；负责全市辐射环境监督管理人员的业务培训、考核及管理工作；监督管理辐射类环境影响评价机构和相关职业资格。
（八）大气污染防治科。
负责大气污染防治的环境统一监督管理，组织落实全市大气、噪声、机动车、挥发性有机物等污染防治政策、规划、规章、规范并组织实施；组织拟订大气专项环境功能区划；负责对机动车尾气检测机构进行资质委托并实施监督管理；负责涉气重点企业的环保核查。
（九）规划财务科
组织编制全市综合性环境功能区划和环境保护规划；审核环境保护专项功能区划和环境保护规划；参与制定全市国民经济与社会发展规划；组织审核城市总体规划和其他部门规划中的环境保护内容；负责环境保护各类项目资金的管理；负责国有资产投资管理、预决算、政府采购、机关财务、审计等工作；负责机关和局属单位财务、会计业务工作的指导和管理；审核报批环境保护系统收费项目和标准；负责全市环境保护系统国际交流和对外经济合作工作。
（十）人事科（机关党总支）
负责局机关和局属单位的人事、机构编制、人员考核、晋升、奖惩工作，局属单位领导班子建设工作，全局环境保护行政表彰工作；承担环境保护行政体制改革有关工作，机关和局属单位的劳资申报、审核及劳动统计等业务工作；组织开展局系统专业技术职称申报和环境保护系统岗位培训及继续教育工作。
负责机关和局属单位的党群工作。负责全局党的思想、组织、制度和作风建设；协助局党组做好民主生活会和中心组理论学习工作；根据党的路线方针政策，提出机关党总支的工作意见；领导、指导局共青团、妇联、计划生育工作；组织实施对党员的监督工作；负责局机关、局属单位精神文明建设工作，指导全市环保系统思想政治教育和精神文明建设。
负责局系统离退休干部的服务工作。
